Najstarsza wzmianka dotycząca inicjatywy budowy kościoła św. Mateusza Apostoła i Ewangelisty w Zdrojach pochodzi z 1904 roku. W „Schematyzmie Diecezji Chełmińskiej” czytamy: „Śliwice jako największą parafię położoną w trzech powiatach: świeckim, tucholskim i starogardzkim, trzeba podzielić na trzy parafie”. Inicjatorem i budowniczym został ówczesny proboszcz śliwicki ks. Dr Stanisław Sychowski.

Dwudziestego ósmego sierpnia 1913 roku ludność Zdrojów i okolicznych wiosek zadeklarowała zbiórkę na budowę świątyni w wysokości rzecz tysięcy marek niemieckich.

Piątego marca 1914 roku Kuria Diecezjalna Chełmińska wyraziła budowę na budowę świątyni i kupno gruntów.

Dwudziestego kwietnia 1914 roku nastąpił zakup gospodarstwa i ziemi od P. Stanisława Kobusa (mieszkańca wsi Zdroje) pod budowę świątyni.

Dziewiątego lipca 1916  roku poświęcono i wmurowano kamień węgielny pod budowę kościoła.

Pierwszego kwietnia 1919 roku ukończono budowę kościoła i powołano pierwszego proboszcza, ks. Jana Zella.

Trzeciego stycznia 1924 roku wszedł w życie dekret ordynariusza chełmińskiego ks. biskupa Augustyna Rosentretera erygujący parafię jako samodzielną placówkę z wszystkimi przysługującymi jej prawami.

Dziewiętnastego lipca 1936 roku nastąpiła uroczysta konsekracja kościoła, której dokonał ordynariusz chełmiński, ks. biskup Wojciech Okoniewski.

Proboszczowie parafii:

ks. Jan Zell

ks. Alojzy Wilemski

ks. Jerzy Rahmel

ks. Mieczysław Mańkowski

ks. Antoni Stefanowski

ks. Roman Benkowski

ks. Gerard Kulwicki

ks. Leszek Grzela

ks. Sylwester Dober